La misión del Instituto de Altos Estudios Nacionales – IAEN, es formar, capacitar y brindar educación continua, principalmente a las y los servidores públicos; investigar y generar pensamiento estratégico, con visión prospectiva sobre el Estado y la Administración Pública; desarrollar e implementar conocimientos, métodos y técnicas relacionadas con la planificación, coordinación, dirección y ejecución de las políticas y la gestión pública.

Ser la universidad líder en educación de posgrado e investigación referente a temas del Estado, gobierno, administración y servicio público; contribuyendo a la profesionalización, principalmente de las y los servidoras/es públicas/os, al fortalecimiento y la eficiencia de la administración estatal, aportando de esta manera a la consolidación del Estado constitucional de derechos y justicia, y al desarrollo del Ecuador.