Actualmente las investigaciones del IAEN están enfocadas en las siguientes líneas de investigación:
- Amenazas, resolución de conflictos y protección de derechos
- Política exterior, estudios estratégicos y procesos globales
- Derechos humanos, género, interculturalidad y participación ciudadana
- La Relación entre el Poder, el Derecho y la Institucionalidad en el Estado Constitucional
- Política económica y fiscal, sectores e instituciones económicas, modelos de desarrollo
- Prospectiva, gestión estratégica y toma de decisiones
- Administración pública, servicio público, transparencia, innovación y territorio