Actualmente las investigaciones del IAEN están enfocadas en las siguientes líneas de investigación:

1. Amenazas, resolución de conflictos y protección de derechos
2. Política exterior, estudios estratégicos y procesos globales
3. Derechos humanos, género, interculturalidad y participación ciudadana
4. La Relación entre el Poder, el Derecho y la Institucionalidad en el Estado Constitucional
5. Política económica y fiscal, sectores e instituciones económicas, modelos de desarrollo
6. Prospectiva, gestión estratégica y toma de decisiones
7. Administración pública, servicio público, transparencia, innovación y territorio