Para obtener el título de Magister, los estudiantes deben aprobar un mínimo de sesenta créditos, incluidos los correspondientes a la tesis de grado.
Para el año 2010, el Instituto de Altos Estudios Nacionales ofrece los siguientes Programas de maestrías:
Marzo, 2010
- Maestría en Seguridad y Defensa (en ejecución)
Este programa aspira a formar profesionales con capacidad de planificación y gestión para el manejo de las instituciones de seguridad y defensa del Estado; a través del conocimiento técnico y la reflexión de lo político, en un marco de fortalecimiento de la institucionalidad y promoción de la democracia.
Octubre, 2010
Tiene por objetivos capacitar y especializar a profesionales de áreas afines con conocimientos, habilidades y actitudes necesarios para la gerencia, dirección y gestión de empresas públicas y privadas, que manejen adecuadamente herramientas y habilidades gerenciales para la planeación y la ejecución del cambio empresarial exitoso en un mundo globalizado.
Tiene por objetivo el formar profesionales capaces de diseñar e implementar la política internacional en las distintas instancias del Estado, conforme a los objetivos, prioridades del país y su marco institucional con el fin de fortalecer la capacidad y acción del Ecuador frente al orden internacional.
- Maestría en Administración Tributaria, Quito
Su objetivo principal es el formar profesionales con capacidad científica y técnica para administrar de manera eficiente los instrumentos tributarios establecidos en la legislación ecuatoriana y en los convenios internacionales suscritos por el Estado Ecuatoriano.

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