Luego de haber aprobado las materias, módulos y créditos exigidos en la fase presencial, de conformidad con el programa aprobado por el Consejo Nacional de Universidades y Escuelas Politécnicas (CONESUP), trece alumnos de la sexta Maestría en Alta Gerencia se encuentran en la fase de realización del trabajo final autónomo, previo a su graduación. Ellos  están obligados a presentar sus temas de investigación que concluyan en proyectos de gestión empresarial aplicables en la institución en la cual laboran, o que estén  orientados a satisfacer necesidades nacionales.
Una vez aprobados los temas por parte del Decano  General Académico, en concordancia con el Coordinador del Curso, y designados los tutores o directores de tesis, los alumnos tendrán treinta días para presentar los planes de tesis. Cuando estén aprobados, desde su notificación, los alumnos, contarán con seis meses para presentar su trabajo final.